Prof. dr hab. Andrzej Kowalski od 1974 roku do emerytury wykładowca w Szkole Głównej Planowania i Statystyki/Szkole Głównej Handlowej w Warszawie, gdzie był wieloletnim kierownikiem Katedry Agrobiznesu. Był także wice dyrektorem Instytutu Funkcjonowania Gospodarki Narodowej.
W latach 2000-2019 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Ekonomiki Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej PIB.
W latach 2004-2006 pełnił funkcję podsekretarza stanu w Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi.
Promotor wielu prac magisterskich, podyplomowych i doktorskich. Autor ponad 400 prac naukowych i popularno- naukowych z zakresu polityki rolnej, analiz rynkowych itp. opublikowanych w Polsce i zagranicą.
Autor kilkudziesięciu ekspertyz opracowanych dla Parlamentu, Organizacji Samorządowych, Związków Branżowych. Trzykrotnie występował jako ekspert na posiedzeniach Komisji Rolnictwa Parlamentu Europejskiego.
Był m.i. członkiem: Rady Naukowej Kolegium Nauk o Przedsiębiorstwie, Szkoły Głównej Handlowej w Warszawie; Rady Naukowej Polskiego Zespołu Współpracy z IIASA; Rady Naukowej Instytutu Rozwoju Wsi i Rolnictwa Polskiej Akademii Nauk; Rady Naukowej Instytutu Cen, Rynku, Konsumpcji i Koniunktur, Komitetu Ekonomiki Rolnictwa Polskiej; Komitetu Nauk Ekonomicznych Polskiej Akademii Nauk.
Jest członkiem zagranicznym Ukraińskiej Akademii Nauk Rolniczych. Wyróżniony tytułem honorowego doktora Instytutu Ekologicznego na Ukraińskiej Akademii Nauk Rolniczych oraz tytułem Honorowego Profesora Instytutu Ekonomiki Rolnictwa Bułgarskiej Akademii Rolniczej.
Aktywnie współpracuje z wieloma organizacjami społecznymi i zawodowymi. Był doradcą Sejmowej Komisji Rolnictwa i Rozwoju Wsi.
Był przewodniczącym Rady Nadzorczej Stadniny Koni w Strzegomiu i członkiem Rady Nadzorczej Zakładów Ogrodniczych w Broniszach.
Wielokrotnie nagradzany za działalność zawodową i społeczną. Uhonorowany Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski i Brązowym Krzyżem Zasługi oraz wieloma honorowymi odznaczeniami i odznakami instytucji, organizacji samorządowych i stowarzyszeń branżowych.